Миссия АНИЦ — cодействие научно-технологическому развитию Республики Саха (Якутия) и Арктической зоны Российской Федерации посредством проведения фундаментальных и прикладных исследований, направленных на изучение историко-культурного наследия, природных условий и социально-экономических процессов северных и арктических территорий. Обеспечение научно-методического сопровождения государственной политики в сфере устойчивого развития, формирование экспертных и аналитических решений для органов государственной власти, развитие научного потенциала региона, включая поддержку молодых ученых и популяризацию научных знаний среди населения. Реализация научных проектов и инициатив, способствующих сохранению культурного многообразия и внедрению инновационных подходов в развитие Арктики.

АНИЦ стремится к укреплению статуса ведущего научного учреждения Арктического региона, способного формировать научную повестку по вопросам устойчивого развития северных территорий, сохранения культурного наследия и адаптации к климатическим изменениям. Центр ориентирован на создание современной научной инфраструктуры, интеграцию в национальное и международное научное сообщество, повышение публикационной и проектной активности, а также на трансформацию научных результатов в практические решения, востребованные государством, бизнесом и обществом.